Katedra speciální pedagogiky byla ustanovena v říjnu roku 1965. Tvořili ji čtyři odborní asistenti. Kromě interních spolupracovníků měla katedra mnoho externích spolupracovníků z řad lékařů, vědeckých pracovníků a dlouholetých ředitelů škol pro postižené.
Prvním vedoucím katedry se stal PhDr. Josef Sasín, CSc. Na katedru speciální pedagogiky nastoupil 1. července 1968 PaedDr. Ladislav Štejgerle, který ale již předtím byl účastníkem jednání o jejím zřízení a s katedrou spolupracoval.
Všichni pracovníci katedry se soustřeďovali především na její vybudování po stránce organizační, profesionální i hmotné. Od roku 1968 katedra sídlila v budově na Univerzitním náměstí č.1. Již od svého založení zajišťovala denní studium i při zaměstnání pro obor učitelství a vychovatelství. Katedra byla organizátorem významných speciálně pedagogických seminářů a vědeckých setkání s mezinárodní účastí. Členové katedry se výrazně podíleli na odborné publikační činnosti. Přispívali do sborníků speciální pedagogiky, zpracovávali skripta, publikovali v odborných časopisech. Neméně významný byl i přínos odborných asistentů při plnění výzkumných úkolů.
Od příchodu na katedru vykonával PaedDr. Ladislav Štejgerle (i když bez formálního ustanovení) funkci zástupce vedoucího katedry.
Katedra speciální pedagogiky prošla složitým obdobím v polovině 70. let, kdy po odchodu docenta Josefa Sasína došlo k personálním změnám a současně k reorganizaci studia – k přechodu z dosavadního pětiletého na čtyřleté integrované studium. Od roku 1974 byl PaedDr. Ladislav Štejgerle pověřen řízením katedry, spolu s novými členy katedry, situaci na katedře konsolidoval a obhájil její dobrou pozici na poli speciální pedagogiky. V září 1978 odešel PaedDr. Ladislav Štejgerle do důchodu. Z jeho téměř padesátiletého působení plných 32 let připadalo na vědeckopedagogickou činnost na vysoké škole a na výchovu nových speciálně pedagogických pracovníků. Od roku 1978 vedl katedru PaedDr. Ludvík Edelsberger. V roce 1986 začal na katedře pracovat pod vedením PaedDr. L. Ludíkové a PaedDr. A. Peutelschmiedové Klub speciálních pedagogů, který byl již dříve založen neoficiálně z iniciativy studentů speciální pedagogiky. Náplní jeho činnosti byly odborné přednášky, besedy, exkurze a setkávání speciálních pedagogů, studentů s odborníky jiných vědních oborů.
V září 1987 se osamostatnilo oddělení speciální mimoškolní pedagogiky a vedle katedry speciální pedagogiky vznikla i katedra nová s názvem katedra speciálních výchov.
Do čela katedry speciální pedagogiky byla jmenována doc. PhDr. Drahomíra Holoušová, CSc.
Od února 1990 do června 1991 byla katedra umístěna v objektu na tř. 17. listopadu. Od studijního roku 1991/1992 sídlí katedra na Žižkově náměstí č. 5. V témže roce byl do čela katedry jmenován doc. PhDr. Jaroslav Kysučan, CSc., který stál v čele katedry do srpna roku 1999. Od září 1999 do ledna 2006 byla vedoucí katedry prof. PaedDr. Libuše Ludíková, CSc., která je v současné době děkankou Pedagogické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. Od února 2006 je pověřen vedením katedry Mgr. Oldřich Müller, Ph.D.